MTs kedungombo merupakan lembaga pendidikan yang berada di bawah Naungan Lembaga pendidikan Islam Kedungombo ( YPI Kedungombo ) yang sudah berdiri sejak 1954 M, dimana dengan memulai Lembaga Pendidikan Madrasah Ibtidaiyah Kedungombo. oleh para kyai, ulama,masyarakat dan sesepuh desa mengaharapkan adanya jenjang yang lebih tinggi, sehingga dengan adanya harapan masyarakat lebih maju dan pendidikan yang lebih tingggi, oleh seorang dermawati mengawali mewakafkan sebidang tanah untuk di bangun MTs Kedungombo.
MTs Kedungombo mulai beroprasi sebagai lembaga pendidikan setara SLTP mulai tahun 1994 M terdiri dari 2 lokal, kemudian oleh pegurus bekerja keras mencari donatur sehingga ada beberapa muwakkif untuk pembebasan lahan guna pengembangan pembangunan MTs Kedungombo dan berkembang sampai sekarang